A principios del siglo XX, el 23 de noviembre de 1903, las religiosas francesas de San José de Cluny llegaron a Madrid a causa de la Ley francesa de Combes.

Su primer alojamiento fue un piso de la calle madrileña San Bernardo, donde impartieron clases de francés y alemán. Fue para aquellos tiempos un modesto empezar porque se le daba poca importancia a los idiomas. Hoy tendríamos que decir que comenzaron con lo que más reclama la sociedad.

Muy pronto se les pidió clases para jóvenes que tenían institutrices en sus casas. Aceptaron la proposición y en 1904 alquilaron dos chalets en el Paseo de la Castellana, 47 y abrieron sus puertas a las alumnas. Impartían clases de cultura general, idiomas, educación artística, musical... ¡No descuidaban la formación integral!

     
 

El colegio permaneció en todo su apogeo hasta el año 1931; las Religiosas se vieron obligadas a regresar a Francia en 1936.

A su vez la Congregación, en 1905, compra una finca en Pozuelo de Alarcón y abre un Colegio internado en el que también se impartía cultura general. Se cerró momentáneamente en la época de los incendios de iglesias y conventos.

En 1939 alumnas religiosas regresan de Francia y, después de siete años de interrupción, el 16 de octubre, el Colegio de la Castellana acoge de nuevo alumnas. Las clases de Cultura general dan paso a la enseñanza Primaria y Bachillerato de siete años, que terminaba con examen de Estado.

En 1940 se emprende con valor y riesgo la reconstrucción del inmueble de Pozuelo y en 1943 tiene lugar la reapertura del Colegio en el mismo edificio; en él se imparte ncultura general, enseñanza primaria y algunas de las alumnas estudian bachillerato, pero examinándose en el Instituto.

En 1964 el edificio de la Castellana 47, no reune las condiciones exigidas por el Ministerio de Educación, y dada la estrechez de los locales, se mira hacia Pozuelo. Se construye un Colegio de segunda enseñanza en la misma finca en donde estaba ubicado el Colegio de Pozuelo. Se hace así la unificación de los dos edificios en un solo Centro, ofreciendo las clases de enseñanza primaria, bachillerato elemental y superior.

Con las nuevas ordenaciones jurídicas, dichas enseñanzas fueron adoptando denominaciones distintas.

Actualmente el Centro está acogido al régimen de conciertos regulados en el Título IV de la Ley Orgánica del Derecho a la Educación, en el Reglamento de normas Básicas sobre Conciertos Educativos por el Real Decreto 2377/1985, de 18 de diciembre y en sus normas de desarrollo.

Se van haciendo las modificaciones de conciertos requeridas para la implantación de los nuevos modelos educativos.

En 1992 el Centro amplía tres unidades de Educación Prescolar, que, unidas a las 6 ya existentes dan como resultado un Centro con 9 unidades de preescolar.

 
Desde la Orden Ministerial de 29 de marzo de 1996 el Centro San José de Cluny de Pozuelo de Alarcón queda autorizado a establecer la configuración definitiva de los Centros existentes en el mismo edificio.